江苏食品职业技术学院食品工程系创建于1981年，是该校最早设立的系科之一，开设食品加工技术、食品药品监督管理、食品营养与检测、食品贮运与营销、食品生物技术、饲料与动物营养等专业，其中食品加工技术为院重点建设专业。该系拥有江苏省食品工程实训示范基地，配备高效液相色谱等先进仪器。
该系现有专任教师46人，其中教授1人、副教授15人、讲师23人、实验师2人，具有硕士以上学位33人，含教育部高职高专食品类专业教指委主任、全国食品工艺专业教学指导委员会主任、全国轻工分析专业教学指导委员会委员各1人，江苏省职业技能鉴定专家委员会委员2人。与南京雨润集团、上好佳食品等企业建立产学研合作，毕业生就业率保持在98%以上。通过强化实践教学环节，输送50余名学生至江南大学等本科院校深造，并与南京农业大学联合开办食品科学与工程本科班，累计培养食品行业技术人才4000余名。
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