甘肃中医药大学研究生院是甘肃中医药大学下属管理机构，负责学校研究生的教育管理工作。其具体职能包括招生、培养、学位点建设与教育质量监控、学生管理等 。研究生培养实行导师负责制，坚持导师具体指导与指导小组集体培养相结合的方式，形成学校(研究生院)、院部(附属教学医院)和学位点三级管理模式 。该院拥有中医学、中药学、中西医结合和临床医学4个一级学科硕士学位授权点，具备临床医学硕士和中药学硕士2个专业学位硕士生培养资格 。
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