云南是清朝直隶中央的一级行政区，省治云南府（今昆明），辖迤西、迤东、迤南、临安开广四道，行政机构历经多次调整：云贵总督自康熙元年初设至乾隆十二年定型，兼辖滇黔两省；云南巡抚则四度裁撤复置，光绪末年最终裁撤 。
雍正年间通过平定叛乱并勘定边界，将中甸、维西等地划入云南，确立红石崖为川滇分界，强化中央对边疆的直接治理 。行政区划随治理需求逐步扩展，至清末辖大理、普洱等府及镇沅、镇边等边地厅级建制，形成道、府、州、县四级管理体系 。地理上因山脉阻隔及瘴气生态，清廷在边疆瘴区保留土司制度，形成与内地流官制并行的治理模式。
宣统二年(1910)新政期间，云南按察司改设云南提法司，行政体系开启近代化转型 。
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