《X档案 第五季》是由金·曼纳斯、艾伦·考特勒执导，大卫·杜楚尼、吉莲·安德森主演的美国科幻悬疑剧，1997年11月2日在美国FOX电视台首播，共20集。
本季延续FBI探员穆德与史考莉调查超自然事件的主线，揭露政府谎言后深入调查抵抗外星殖民的混血种族阴谋。史考莉因绑架事件被移除子宫，本季却出现其女儿艾蜜莉，引发身世悬念。两位科幻小说家受邀撰写剧本并加入喜剧元素，剧中“辛迪加”组织阴谋线索逐渐清晰。穆德前女友登场推动人物关系发展，季末以吸烟人烧毁全部X档案卷宗收尾 。
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