南京都察院是明朝永乐十八年（1420年）迁都北京后在南京设置的中央监察机构，属南京留守官署体系，主要职能与北京都察院相同，同时负责复查后湖黄册、提督操江两项专职事务。该机构设右都御史、右副都御史、右佥都御史各一人，不设左职，辖有司务、经历、都事、照磨等属官及司狱二人，其下设十三道监察御史，编制少于北京都察院 。经历司旧有都事一员，隆庆四年革；司狱旧设二员，嘉靖三十七年革一员；十三道监察御史初设三十员，嘉靖后常以一人兼管数道，名额更少 。
洪熙元年（1425年）去“南京”二字，复置为都察院，正统六年（1441年）再复永乐之制 。宣德初年右都御史陈勉曾配合北京整顿监察系统，查处左都御史刘观贪腐集团 。成化年间，右副都御史胡拱辰曾管理院事并兼理提督操江 。嘉靖后常出现一人兼管数道监察御史的情况，机构名额进一步缩减 。万历末年，南京都察院右都御史宋仕上奏反映御史缺额严重，见在仅三人，常以一官兼数职 。明代监察法规体系中包含南京都察院事例 ，另修有《南京都察院志》 。南京都察院衙署位于太平门外，日常事务清闲，官员调任北京被视为升迁 。
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