南京城市足球俱乐部原名南京枫帆足球俱乐部，成立于2014年12月29日。现参加中国足球协会甲级联赛，主场为五台山体育中心 。
2017年11月1日，南京枫帆足球俱乐部完成工商注册 。同年，南京枫帆足球俱乐部被南京市足球协会命名为“少儿足球育才基地” 。2018年，南京枫帆足球俱乐部与南京大学足球队联合成立了南京枫帆（南大）足球队 。2021年2021年1月15日，俱乐部更名为南京城市足球俱乐部 。4月，股东江苏枫帆建设集团有限公司将持有的60%股权转让至南京鼎竹电力设备工程有限公司。转让后，南京鼎竹电力设备工程有限公司占俱乐部60%股权，江苏枫帆建设集团有限公司占俱乐部30%股权，南京东乐宇体育文化发展有限公司占俱乐部10%股权，法定代表人仍为赵志刚 。2025年1月，杰弗森·内姆、杨贺离队 ，郑雪健加盟 。同月，南京城市队获得2025赛季中国足球协会甲级联赛参赛资格。 同月，刘晓东、王寒冰加入南京城市足球俱乐部一线队教练组 。2月，马特乌斯·莫雷斯切、巩汉魁转会离队。 2026年3月7日，郭毅、张辉、傅韵程、袁浩、李明璠、科尔沁夫正式离队。
2019年获得中国足球协会会员协会冠军联赛冠军，晋级到2020年中国足球协会乙级联赛；2020年获得中国足球协会乙级联赛季军，晋级2021年中国足球协会甲级联赛 ，完成三年“三级跳” 。
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