安徽农业大学研究生教育始于1978年设立的研究生教育科，1997年设立研究生部，1998年成立研究生处，2005年成立研究生学院，2018年正式成立党委研究生工作部、研究生院 。现下设校学位办公室、院党委办公室、行政办公室、研究生招生办公室、研究生培养办公室和专业学位研究生管理办公室。在校党委和校行政的领导下，其业务工作直接受国务院学位委员会办公室和安徽省政府学位委员会办公室指导，全面负责学校学位与研究生教育管理工作。
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