指纹图谱是指某些复杂物质经适当处理后，采用一定的分析手段得到的能够标示其化学特征的色谱图或光谱图 。主要包括中药化学指纹图谱 、DNA指纹图谱 和蛋白质指纹图谱 。
DNA指纹图谱技术于1986年发明，当前研究主要利用单核苷酸多态性（SNP）标记构建品种特异性指纹图谱，并应用于农业种质资源鉴定 。中药指纹图谱已成为国际公认的控制中药或天然药物质量的有效手段 ，该技术通过构建全过程指纹图谱实现质量监控和可溯源管理 ，近年来针对具体药材的指纹图谱研究不断深入，如建立石牌广藿香挥发油指纹图谱（2026） 。蛋白质指纹图谱技术于上世纪末发明，蛋白指纹图谱技术（SELDI）通过分析血清蛋白质谱，在疾病早期诊断中应用 。指纹图谱技术正不断向新原理和新应用领域拓展，如绘制糖电信号指纹图谱（2023） ，并扩展至食品质量安全领域（2024） 。2026年，“五羊星座工程”计划构建“物质指纹”图谱 。
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