有机低聚果糖是指以符合有机植物生产标准的菊苣、菊芋或蔗糖为原料，遵守有机加工标准，并通过权威有机食品认证机构认证的低聚果糖。低聚果糖于2016年4月28日被正式列入中国有机产品认证范围。有机低聚果糖是一种有机食品。有机低聚果糖产品可获得FOFCC签发的有机产品认证证书。 部分低聚果糖产品可获得欧盟与美国有机认证。
按照原料分类，有机低聚果糖可以分为有机菊苣低聚果糖、有机菊芋低聚果糖；按照含量分类，可以分为有机90低聚果糖(低聚果糖/干物质≥90%)、有机95低聚果糖；按照应用领域分类，可以分为有机食品级低聚果糖、有机营养强化剂低聚果糖、有机低聚果糖甜味剂、有机医用低聚果糖。 低聚果糖是常用的食品配料，也是列入《食品营养强化剂使用标准》（GB14880-2012）的食品营养强化剂，用于婴幼儿食品及调制乳粉时应符合该标准规定。 按照物理形态分类，可以分为有机低聚果糖粉、有机低聚果糖糖浆。
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